Trama: Il grande inizio[]
La prima parte della trilogia inizia con Timmy che gioca in un videogioco virtuale, chiamato proprio "La trilogia dei desideri", ma viene interrotto da Jorgen Von Strangle che porta via Cosmo, Wanda e Poof e ammonisce Timmy di non pronunciare mai il suo nome. Da quel momento i genitori di Timmy, gli amici e Crocker mostrano di non ricordare più l'esistenza del ragazzo e quando questi, a scuola, grida: "Sono io, Timmy Turner!" compare un gigantesco robot che vuole eliminarlo (il Capo Eliminatore che non è vestito con una giacca nera e degli occhiali da sole). Timmy scappa e viene salvato all'ultimo minuto da Jorgen Von Strangle, che lo porta nella cava del destino nel fantamondo. Lì Timmy scopre una vecchia storia: tempo fa un gigantesco nemico delle fate,il Tenebroso (o al plurale Tenebre), fu sconfitta grazie alla luce. Da quel giorno tante fate (le stelle) fanno da barriera per evitare che ritorni, ma da poco è stato rapito l'insieme delle fate che formano l'orsa maggiore. Una sola persona è in grado di salvare l'universo: il prescelto e quel prescelto è proprio Timmy. Per sconfiggere le tenebre dovrà trovare la bacchetta bianca, che è "Nascosta nell'arte e sigillata da un bacio". Gli eliminatori insieme al Capo Eliminatore (i robot che cercano di eliminare il prescelto, quindi Timmy) catturano Jorgen van Strangle trasformato in Timmy e se ne vanno. Intanto Cosmo,Wanda e Poof sono stati trasformati in gomme da masticare da Jorgen (per non fargli correre rischi) insieme alle altre fate e, dopo una serie di vicissitudini, riescono a fuggire. Timmy, tornato sulla Terra, è scambiato per un alieno da un gruppo di polizia.Riesce a ritrovare Cosmo e Wanda e scopre che la bacchetta bianca è una chitarra del gruppo rock statunitense Kiss. Timmy riesce a trovare la chitarra e con la luce che emette caccia via l'oscurità, ma ecco che una nuova notizia irrompe: il vero prescelto è un altro, Turbo Thunder. Timmy, all'inizio era un po' deluso, diventa comunque un eroe, ma non sa che intanto un altro gruppo di stelle è stato rapito e ...
L'avventura di mezzo[]
Timmy è diventato un vero e proprio mito nel fantamondo: per le fate è lui l'eletto, hanno fatto uscire videogiochi, film d'azione (da cui Poof è altamente influenzato) e moltissime altre cose. Ma quando è costretto a ritornare a casa scopre che non è finita. Tutti i suoi amici sono scomparsi e al loro posto sono arrivati eliminatori travestiti. Timmy è salvato da Mark Chang (che era venuto a chiedergli aiuto perché la Yugopotamia è stata invasa dagli eliminatori) e tornano tutti alla caverna del destino: bisogna trovare una seconda bacchetta, prima che gli eliminatori sottomettano il fantamondo. Mentre leggono la profezia "La bacchetta si trova nel lato oscuro della luna blu" succede quanto detto sopra. Cosmo, Wanda, Poof e Jorgen si ritrovano chiusi in una prigione con le altre fate e nella stessa cella con Trixie, AJ, Chester, la mamma e il papà di Timmy, a cui si rivelano. Timmy intanto ha arruolato un gruppo di battaglia: Mark, Vicky, Dark Laser e Crocker, ma gli ultimi tre vengono tutti catturati dagli eliminatori. Timmy e Mark, che stanno per essere risucchiati dalle tenebre, vengono inaspettatamente salvati da Turbo Tunder, che li porta sulla luna blu. Intanto Poof è riuscito a uscire dalla cella e ha sconfitto gli eliminatori con le mosse dei film d'azione. Prese le bacchette Jorgen, Cosmo, Wanda, Poof, Trixie, AJ, Chester, la mamma e il papà di Timmy, Crocker, Vicky e Dark Laser raggiungono anch'essi la luna blu. Contemporaneamente Turbo Tunder trova la bacchetta e cerca di sconfiggere il guardiano, ma egli lo caccia via. Invece Timmy supera la prova nel momento in cui i suoi amici arrivano. La bacchetta però non crea nessun effetto e Timmy, per salvare gli amici che stanno per essere risucchiati da Tenebroso, si sacrifica e si fa inghiottire dalle tenebre,ma prima di essere inghiottito lui e Trixie si baciano ...
Episodio finale[]
Timmy si risveglia nel suo letto, e Cosmo e Wanda gli spiegano che ha sconfitto le tenebre e Jorgen gli ha cancellato la memoria. Timmy ne è molto felice, ma dopo una serie di avventure scopre che in realtà non ha affatto vinto le tenebre, anzi, ci è dentro. Cosmo, Wanda e Jorgen lo portano in salvo, da tutti i suoi amici, ma L'eleminatore capo li risucchia. Solo Cosmo, Wanda, Poof e Timmy riescono a salvarsi. All'improvviso ritorna Turbo Tunder, che è diventato buono, decide di aiutare Timmy a trovare l'ultima bacchetta, mentre Il capo eliminatore diventato il distruggitore sottomette la Terra trasformandola nel suo covo pieno di esplosivo: vuole farla esplodere per sconfiggere l'eletto e le tenebre. Turbo Tunder racconta a Timmy la sua storia: anche il suo pianeta è stato attaccato dalle Tenebre. Timmy riesce a salvare il fantamondo e con l'aiuto di Turbo Tunder, si trasforma in Turbo Timmy con i poteri di Turbo Tunder. Tornando sulla Terra riesce a sconfiggere l'eliminatore capo e trovata l'ultima bacchetta, potrebbe sconfiggere le tenebre. Ma, notando che non sta attaccando, Timmy irraggia il Tenebroso con un enorme sorriso provocato da tante bacchette su tutti i pianeti e le tenebre si trasformano in lucentezza. In quel momento ricompaiono tutti quelli che erano stati risucchiati dalle tenebre: perfino la mamma e il papà di Turbo Tunder. Tutto è finalmente tornato alla normalità.